คณะสถิติประยุกต์ สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ เริ่มก่อตั้งในเดือนมิถุนายน ปี พ.ศ. 2509 เริ่มแรกยังไม่มีการรับนักศึกษาปริญญาโทแต่มีการฝึกอบรมวิชาการทางด้านสถิติประยุกต์ ซึ่งเป็นงานอบรมของสำนักงานสถิติแห่งชาติ และมีการสอนทางด้านสถิติประยุกต์ โดยเป็นนักเรียนของวิทยาลัยการสถิติปฏิบัติ คณะสถิติประยุกต์เริ่มเปิดสอนหลักสูตรปริญญาโทเดือนธันวาคมปี พ.ศ. 2510

ในปี พ.ศ. 2516 มีการแยกสาขาออกเป็น 4 สาขาวิชา คือ สาขาสถิติ สาขาคอมพิวเตอร์ สาขาการวิจัยดำเนินงาน และสาขาประชากรศาสตร์ และเริ่มเปิดหลักสูตรปริญญาเอก สาขาประชากรและการพัฒนา ในปี พ.ศ. 2525 ซึ่งเป็นการเปิดสอนในระดับปริญญาเอกครั้งแรกของคณะสถิติประยุกต์ ในปี พ.ศ. 2536 เริ่มเปิดปริญญาโท 2 หลักสูตรใหม่ คือ สาขาวิทยาการประกันภัยและสาขาการจัดการสารสนเทศ (ต่อมาเปลี่ยนชื่อสาขาเป็นการจัดการระบบสารสนเทศ) ในปี พ.ศ. 2538 เปิดหลักสูตรปริญญาเอกอีก 1 หลักสูตร คือ สาขาสถิติ ในปี พ.ศ. 2545 เปิดหลักสูตรการสอนเพิ่มอีกคือหลักสูตรปริญญาเอก สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ และเปิดหลักสูตรปริญญาโท สาขาระบบสารสนเทศประยุกต์ มีการเปลี่ยนชื่อสาขาการวิจัยดำเนินงาน เป็นสาขาเทคโนโลยีการตัดสินใจและการจัดการ ในปี พ.ศ. 2546 และในปี พ.ศ. 2546 มีการปรับปรุงหลักสูตรปริญญาโททุกหลักสูตรของคณะ ประกอบด้วย 7 สาขาวิชาเอก สาขาวิชาเอกสถิติ สาขาวิชาเอกเทคโนโลยีการตัดสินใจ สาขาวิชาเอกวิทยาการประกันภัยและการบริหารความเสี่ยง สาขาวิชาเอกการวิจัยเพื่อการบริหารและการจัดการ สาขาวิชาเอกวิทยาการคอมพิวเตอร์ สาขาวิชาเอกการจัดการระบบสารสนเทศ และสาขาวิชาเอกการพัฒนาซอฟต์แวร์ [2]

ในปี พ.ศ. 2552 มีการปรับปรุงหลักสูตรใหม่อีกครั้งโดยมีการเปิดสอน หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (บริหารเทคโนโลยีสารสนเทศ) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วิทยาการคอมพิวเตอร์และระบบสารสนเทศ) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วิศวกรรมซอฟต์แวร์) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (การจัดการโลจิสติกส์) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วิทยาการประกันภัยและการบริหารความเสี่ยง) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (สถิติ) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (สถิติประยุกต์)